Berné est devenue paroisse vers la fin du Xème siècle, probablement par démembrement d’un espace forestier plus vaste, puis commune en 1790 après la Révolution. L’histoire de la commune de Berné est marquée par celle du château et de la forêt de Pont Calleck (parfois orthographié Pont Callec).
Berné dépendait de la châtellenie de Pont Calleck dont les terres s’étendaient sur 12 paroisses. Au commencement il n’y avait au lieu-dit Pont Calleck qu’un simple manoir, progressivement transformé en place forte par l’ajout de fortifications. La châtellenie faisait partie à l’origine du domaine ducal breton. C’est d’ailleurs le duc de Bretagne Jean II qui fit construire la chaussée sur un affluent du Scorff , laquelle a donné naissance à l’étang de Pont Calleck. Les ducs de Bretagne se dessaisirent à plusieurs reprises de ce domaine. Finalement il passa par alliance dans les mains de la famille des Guer à la fin du XVIe s qui le gardèrent jusqu’à la révolution.
Le membre le plus illustre de cette famille fut certainement Chrisogon Clément de Guer (Marquis de Pont Calleck) qui eut la tête tranchée en 1719, place du Bouffay à Nantes pour avoir conspiré contre le roi.
Au moment de la révolution, Berné fut le théâtre de violents combats entre les bleus et les chouans. La Croix des Nations, au Nord du bourg, doit d’ailleurs son nom à une bataille entre les chouans et les soldats républicains (les «nations »). La forêt de Pont Calleck et son château étaient des repaires de chouans et les bleus n’osaient guère s’y aventurer. Le château fut en grande partie détruit après la conspiration de 1719, et totalement au moment de la Révolution. Seules, des ruines subsistent dans le parc : une tour d’escalier, deux portes en plein cintre et un mur important.
Le château actuel est l’œuvre du Comte de Cosse Brissac, au XIX e siècle. Réquisitionné par les Allemands pendant la Seconde Guerre mondiale pour servir de lieu de convalescence à l’organisation Todt, le château a été vendu en 1955. Actuellement, il abrite un foyer tenu par une congrégation religieuse (les Dominicaines du Saint Esprit), qui accueille environ 50 enfants.